PCR MasterMix包含三种酶(Taq，Pfu，Taq plus)，每种酶对应着两种PCR MasterMix（含染料和不含染料），一共六种PCR MasterMix。
Taq：扩增效率最高的耐热DNA聚合酶，其扩增速度约为1-2kb/min。扩增碱基出错率为10-5左右。其产物未端带有A，可直接用于TA克隆。
Pfu：目前保真度最高的耐热DNA聚合酶，碱基出错率为10-6，但扩增效率低于Taq酶，一般能很好的扩增2kb以下的片段。其扩增速度约为500bp/min左右。其产物为平未端，须加A后才可用于TA克隆。
Taq Plus：Taq和Pfu的等比混合物。集扩增效率高和保真度好于一身。扩增效率比Pfu高，保真度比Taq好。其扩增速度约为1000bp/min左右。其产物未端带有A，可直接用于TA克隆。
含染料PCR MasterMix反应完后可以直接电泳检测。不含染料的PCR MasterMix反应完后加入上样缓冲液后电泳检测。
